尼古拉斯二世
1795年8月底，海顿回到了维也纳，与三年以前从伦敦归来时相比，这一次的前景较为明朗。艾斯特哈齐家族的新主人正在等他回来，以便安排高水准的音乐活动。海顿忙得不亦乐乎，不但要重组乐团，也要为他们光辉的初演作准备。
演出定在1796年1月4日，演出的剧目是安东尼奥·德瑞菲的歌剧《忠贞的佩内洛普》，这个盛会在奥地利王子的维也纳宫举行，听众们不但沉醉在歌唱家的歌声里，也为昂贵的烟火所吸引。海顿感到庆幸的是，他的新主人尼古拉斯二世喜欢冬天待在维也纳，夏秋则在艾森施塔特城堡，在这方面，亲王的爱好完全和海顿相合。
可是，这几乎是亲王和海顿唯一一致的一点，整体来说，他们的关系并不愉快。在海顿接触过的四位艾斯特哈齐亲王里，最后的这一位他最不满意。他的父亲只是对音乐没有兴趣，这一点海顿没什么可抱怨的。尼古拉斯二世却不同，他跟他的祖父一样，是一位热爱艺术的人。他深爱音乐，对音乐家也很慷慨。根据记载，有一次他到巴黎，曾送给凯鲁比尼一枚价值连城的戒指。海顿是凯鲁比尼的偶像，但是亲王却从未对海顿有过这样的表示。原来他对海顿的作品并不感兴趣，他喜爱的音乐完全集中在教堂音乐上。他喜欢的作曲家当中，有一位就是海顿以前的“老师”卡尔·洛依特，洛依特那肤浅过时的作品，在当时那个年代也早已不流行了。
另一方面，他聘请了海顿，也使他成为许多王公贵族羡慕的对象，这大大满足了他的虚荣心，因此，他当然希望海顿能留在他的身边，领导他的乐队。亲王最初付给海顿的薪水只有1400个金币（安东亲王也付给海顿同样多的钱，却不要求他做任何工作）。
尼古拉斯二世为人不够圆滑和成熟，和其他作曲家们交往时也常常表现出不可一世的优越感，这在他对贝多芬的态度上可以明显看出来。在他的要求下，贝多芬写了一首伟大的圣乐——《C大调弥撒曲》，这是他那时期最杰出的作品之一。演奏完毕，亲王却对这个已经颇有些名声的作曲家说:“我亲爱的贝多芬，你刚才作的到底是什么玩意呢？”被激怒的贝多芬听到后拂袖而去。
尼古拉斯二世和他的祖父一样，是一个彻头彻尾的独裁者，但他缺少他祖父对音乐的真正了解。海顿并不介意老尼古拉斯的专横，他虽然有许多缺点，却真正懂音乐，而且和海顿关系密切。海顿很不情愿忍受这个年纪比他小一半，经常不知道自己在谈什么的尼古拉斯二世。
有一次，亲王在预演时作了一些毫无道理的批评，海顿竟然毫不顾忌地说道：“亲王阁下，这件事该如何决定，应该是我说了算，因为这是我的工作。”尼古拉斯二世听完后愤怒地离开了房间，所有的音乐家都吓得不知所措。
通常海顿会设法抑制自己的愤怒，找一个比较好的方法去解决问题。他经常去找尼古拉斯二世的夫人玛丽·赫门纳基德公主，她非常欣赏海顿，总会为他解围。譬如说，海顿很讨厌别人直呼他的名字，而不尊称他的牛津大学音乐博士的身份，公主就负责监督，使宫廷中没有人敢鲁莽地不加头衔直呼“海顿”。官方写给海顿的信，也要依照适当的礼仪称呼他。几年之间，公主也为海顿争取了很多恩惠，包括几次加薪的机会，海顿也经常得到亲王地窖中的美酒。
整体来说，海顿虽然不喜欢他的新主人，却并不反对在他手下工作，因为他的工作比以前要轻松得多，他只要每年为他的主人写一部弥撒曲就行了。从1796年到1802年之间，他写了六部弥撒曲。
除此之外，海顿还有项任务，就是节庆时要出席演出，以便让亲王向别人炫耀他有个著名的指挥。1797年，匈牙利的伯爵约瑟夫来到艾森施塔特城两次，1800年皇帝皇后莅临一次，海顿都被请出来露面。
乐队例行的那些工作，都交给海顿的代理人去做。海顿觉得，除了为亲王服务，他还必须把更多的时间花在其他事业上，因为这些事业非常重要。
《创世纪》
在伦敦时，海顿曾对人说：“我想要写一部使我名垂青史的作品。”在威斯敏斯特大教堂的亨德尔纪念会上的经历，使海顿深信，清唱剧最能使他和未来结下不解之缘。此外，想要实验新的表达方式的欲望，也促使海顿走向了清唱剧。写完《伦敦交响乐》后，他觉得他在交响乐方面已经不可能再突破了，虽然他已经六十多岁，却很想尝试一种新东西。
海顿选择《创世纪》为主题，也是源于英国，这件事情有许多说法。有人说是萨洛蒙给了海顿一个剧本，这个剧本是诗人利得尔根据弥尔顿的长诗《失乐园》改编而成的，本来准备交给亨德尔谱曲，但是亨德尔因故没有动笔，就一直搁置了起来。还有一种说法是，海顿要求他的好朋友、小提琴家巴斯里蒙提供一个适合清唱剧的题材时，巴斯里蒙就指着《圣经》说道：“就在这里！拿去吧，就从《创世纪》开始。”
维也纳的音乐爱好者中，有一位德国籍的男爵，名叫范·斯维腾，他喜欢清唱剧，尤其是亨德尔的作品，他也担任维也纳宫廷图书馆的馆长和教育会会长。
1769年，男爵游历英国，在那里成为亨德尔的热烈崇拜者。他带了一些亨德尔最出色的清唱剧乐谱回家，并认为自己有义务把亨德尔和巴赫的音乐推广开来，因此每个星期天早晨，他都会在宫廷图书馆举行一次亨德尔和巴赫作品的介绍推广。因为图书馆里没有风琴，男爵就请常到图书馆来的莫扎特以吹奏乐器代替风琴，重新编写了许多亨德尔的清唱剧。
斯维腾也请莫扎特为巴赫的一些赋格曲配上弦乐三重奏或四重奏，并加上引介性的慢板。这段时间，由于对巴赫的巴洛克式音乐接触比较多，这对莫扎特的艺术发展产生了极为重要的影响。男爵也曾资助过贝多芬，贝多芬将自己的第一首交响乐献给他，作为回报。
斯维腾男爵不仅是一位优秀的翻译家，而且对海顿创作清唱剧作出了很大的贡献。由于斯维腾的地位和影响力，使海顿的工作有了一个很好的开始。
在那个时代，除非有人出钱邀约，否则作曲家很少主动去写一些重要的作品。尽管海顿已经鼎鼎大名，又有稳固的经济基础，也不会主动去写这些没有任何收益的作品。如果他仍留在英国，他可能为萨洛蒙或格里尼写这样的清唱剧，但是在维也纳，海顿要去找谁呢？在这个时候，斯维腾出现了，他召集了12个爱好音乐的绅士，每个人捐出50个金币，作为表演的费用，还付给海顿一定酬金。这样，海顿完全没有后顾之忧了，就开始创作《创世纪》。在后来的几年里，他将大多数的时间和精力投入到这项工作中。工作进行得很缓慢，因为如海顿所说，他想要精雕细琢，因为他打算让这部作品在世间流传很久。
将心力贡献于创作《创世纪》的这段岁月，是海顿生活里最丰富和最快乐的时光，他忘我地投身于比以往更能表现他内在力量的工作里。尽管从小就过着寄人篱下的生活，也深知人生的黑暗面，但海顿对宗教一直很虔诚，从不怀疑神，他觉得世界是一个非常美好的地方。
从某种程度来说，海顿的每一部作品都是一项“创造”，表达他对天父的赞美和感谢。现在，他可以完全投入地去做了，而且能享有前所未有的自由。同时，他有机会借音乐来歌颂大自然之美，并表达他内心的和谐与感恩。
海顿在创作这出神剧时，觉得精神上有了一个提升。他常常感到自己和造物主有密切的联系。他曾说：“我写作《创世纪》时，感到空前未有的虔诚，我每天都跪下来祷告，祈求上帝赐给我力量完成这部巨作。”
《创世纪》完成后，施瓦岑堡亲王找到海顿，邀请海顿在他的宫殿里举行首演，海顿同意了。首演的日子定在1798年4月29日。首演那天，虽然只有获得邀请的来宾才能进入亲王府邸，却有许多听众聚集在府邸的外面，附近的市场摊子不得不拆掉，好容纳越来越多的人，此外还动员了12名警察和18个骑马的警卫来维持亲王府邸的交通秩序。
当时出席的卡佩尼说：“我可以向你保证，我从来没有见过如此壮观的景象，维也纳的文艺界和音乐界的精英全都聚集在金碧辉煌的大厅里。小提琴奏起第一个音时，最深沉的寂静、最纯粹的注意，以及最虔诚的敬慕，就弥漫在整个会场。”
这次，海顿可不像以往那么镇静了。他后来说：“我一会儿冷得像冰块，一会儿又突然热得像火把，我真害怕我会得心脏病。”
音乐家都是第一流的，海顿亲自指挥。弹奏钢琴的是宫廷作曲家沙赖皇，女高音是克丽思汀·吉拉蒂，当时人们评价她说：“她的声音清丽而富于变化，她的身材优美可爱，脸上的表情很丰富，眼睛明亮，加强了每一个字的效果。”
男独唱者是宫廷歌剧团的男低音伊克纳茨沙尔，以及特蕾莎学院的教授瑞塞梅耶，他那美妙的男高音曾赢得过赖奇顿史丹公主的赞赏。
这次的成功远远超过预期，大多数听众的感觉也许和维也纳那位资深记者一样，他写道：
那个迷人的晚上已经过了三天了，但那悠扬的乐声仍然盘桓在我的耳边和心上，当时我体验到的，至今我仍不时甜蜜地回忆起来。
海顿没有理由不满足，支持他的贵族不但将事先同意的酬金付给他，还将全部门票的收入给了他。这只是个开始，《创世纪》的演出盛况历久不衰，它的收入大部分捐给慈善机构，远超过之前在伦敦义演会上的收入。
同年的5月7日和8日，《创世纪》又在施瓦岑堡宫演出。可是这时，海顿一直以来的劳疾却突然发作了，他必须在**躺一段时间。
虽然专注地创作《创世纪》带给他很大的快乐，却也给他带来了巨大的压力。有许多时候，他觉得自己记忆衰退，思维枯竭，精神紧张到了极致。等到他的身体可以继续工作时，他对所进行的工作竟缺乏信心、失去力量，这是以前创作交响乐或弦乐四重奏时从未发生过的。
对于任何即将满70岁的音乐家来说，写如此繁复的整套的清唱剧，将是一份艰巨的工作。可是海顿的工作还不止这些，在这段日子里，他写了两部弥撒曲、一首小号协奏曲、一些最好的弦乐四重奏、三首钢琴三重奏、一首《十架七言》的清唱曲，以及他自己很喜欢的奥地利国歌《神佑吾王弗兰茨》，这首歌使海顿成为奥利地家喻户晓的人物。
谱写奥地利国歌的动力来自英国。海顿注意到，每当英国国歌《天佑我王》演奏时，英国人都极为振奋。这个时候，奥利地陷入了与拿破仑的战争，因此，奥地利也需要一首国歌。
范·斯维腾让海顿再一次梦想成真。斯维腾和皇室秘书康特·苏卢讨论了一下，苏卢表示很愿意负责这一计划，并立即聘请诗人哈斯克卡填词。1797年1月，海顿谱好了曲，2月12日，皇帝诞辰时，维也纳全部戏院和奥地利各省都在唱这首国歌，这首歌也唤醒了无数的爱国心。
皇帝送给海顿一个金盒子、一幅肖像以及一笔丰厚的报酬。海顿认为颁发一个勋章给他将会是对他最大的感谢。虽然弗兰茨皇帝和皇后对海顿的态度比他们的先人要友善得多，他们还是没有颁发这项荣誉给海顿。
1799年12月22日和23日，海顿指挥了两场《创世纪》的演出，将收入送给了维也纳音乐家遗属协会，这是一家旨在为已故音乐家的家属提供资助的机构。海顿的善举大大改善了该机构的经济情况。从那时候开始，海顿总是让维也纳音乐家遗属协会演奏他的神剧，通常由他本人指挥。仅仅三年时间，这部作品就为许多生活无望的音乐家的遗属们筹集了约4万金币。
《创世纪》在维也纳首演一年以后，伦敦人也听到了。阿什利收到《创世纪》的曲谱后六天，就在伦敦科文特花园剧院演出，这次演出能如此迅速，主要归功于印刷者汤马斯·古得温的策划，他在如此短的时间里，赶印出了120份乐谱。
法国人从不买清唱剧的账，可是非常奇怪，他们对海顿的作品越来越有兴趣，法国一些爱好音乐的人士想邀请海顿亲自到场指挥，但是由于奥地利和法国半年前刚打了一仗，奥地利遭到惨败。尽管法国人度量宽大，能为艺术而抛弃政治争执，但是奥地利的警察并不买账。
1800年夏天，巴黎歌剧院派普莱耶尔到维也纳，把法国的邀请书亲自交给海顿，然后像十年前萨洛蒙的做法一样，陪海顿到法国去。可是奥地利当局不准海顿穿过边界，否则将以间谍论罪。海顿和阿塔里亚出版社到处奔走都没有结果，普莱耶尔只能无功而返。起初，海顿很想去巴黎，因为他从来没有忘记过到外国旅行的快乐滋味，可是后来他决定不去了，因此，《创世纪》于1800年12月24日在巴黎演出，由史泰贝特指挥。