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一开始，邓小平对这次学生游行没有发表任何讲话。三个星期以后，12月30日，邓小平才作出了明确的指示，他不赞成学生游行。在一次中央领导人参加的会议上，他提出，要严格执行关于游行示威的新规定，并主张将方励之、刘宾雁和王若望开除出党（“他们狂妄到极点，想改变共产党，他们有什么资格当共产党员？”）。邓小平再次对资产阶级自由化提出了批判。他说：
反对资产阶级自由化至少还要搞二十年。民主只能逐步地发展，不能搬用西方的那一套，要搬那一套，非乱不可。我们的社会主义建设，必须在安定团结的条件下有领导、有秩序地进行。我特别强调有理想、有纪律，就是这个道理。如果搞资产阶级自由化，就是再来一次折腾。搞资产阶级自由化，否定党的领导，十亿人民没有凝聚的中心，党也就丧失了战斗力，那样的党连个群众团体也不如了，怎么领导人民搞建设？
由于学生们被禁止在公开场所抗议示威，所以不管游行队伍走到哪儿，都会被警察包围。只要他们一发表演讲，就会被武警以卡车或汽车送回校园。1987年1月初，学生们放弃了他们煽动性的活动，没有达到任何目的。到头来他们的一些头头被逮捕审问或处罚。凡是上街参与游行的学生都留下了心灵的痛苦。而且这样的学生人数，远比邓小平所分析的要多得多。方励之、刘宾雁和王若望按正常方式被开除了党籍。方励之离开了合肥，调到北京天文台一个技术部门工作。
在政治上，学生运动所造成的最大影响，是胡耀邦被迫下台。邓小平和其他老一辈领导人批评胡对这次事件没有采取得力措施，胡耀邦因此被迫在1月中旬的政治局扩大会议上提出自我批评，并自动辞去总书记一职。他在会上的谈话全文并未对外公布，但根据另一份文件的记载，他在会上承认犯了一连串的错误。他被允许暂时保留政治局常委的身份。但他却在会后不再公开露面，也中断和外国友人的联络。根据1989年的一项传言，他搬出中南海的办公住地，住到外面的一栋四合院建筑里，大部分时间都在研究清史。赵紫阳获选代理总书记，这可能是邓小平提议的，也可能是邓的支持。
胡耀邦的下台，完全破坏了邓小平对他之后党和政府人事的全盘安排。自从1982年9月的十二大以来，国内外都一致认为，胡耀邦将一直担任总书记，而邓小平和他的那些年老领导同志们将逐渐减少他们的政治活动。现在，邓小平必须再找个接班人，可是这次合适的人选并不多。老一代的领导人年纪太大，而年轻一代中，赵紫阳缺乏在党中央工作的资历，而且他和胡耀邦曾一起工作过，所以，他很可能得不到那些年迈领导人的信任。当时担任第一副总理的李鹏，年龄不到60岁，有很好的行政资历，但他也缺乏党务工作经验。
邓小平本人也经常向外宾谈到经济改革和政治改革这两种改革的目的，以及它们彼此的关系。他的语气充满信心，好像他已经摆脱前年冬天的那场惊吓，也没有显示出智力老化的迹象。相反的，他在思想理论领域里还获得很多新的突破，是他在过去几年当中所比不上的。他这时已经82岁，在接见外宾时，经常表现出怡然自得的神情，令很多外宾留下深刻印象。
他的谈话主旨是：
改革一定不能缩水，也不能向后退。政治改革是必须的，目的在清除经济改革的障碍；经济改革也是非进行不可，如此才能加速开发中国的生产能力（生产力）；而开发国家生产力正是消除贫穷（这是社会主义的最终目标）的不二法门。在阐释他的这一思想时，他没有忘记攻击资本主义。
例如1987年4月，他在接见西班牙工人社会党一名高级干部艾丰索·古耶拉（Alfonso Guerra）时，就对他发表了这样的一席谈话。他说，如果中国全盘西化，并走上资本主义道路，那中国就不可能实现现代化，因为中国所要解决的问题，是如何使十亿人摆脱贫穷，并获得繁荣；如果在中国大陆实行资本主义，则可能只有不到百分之十的人会致富，其余百分之九十多的人口仍将永远一贫如洗。他说，如果发生这种情况，那么大多数的人将起来进行革命，所以，唯有实施社会主义而不是实行资本主义，中国才能实现现代化。
邓小平也经常说明他为什么反对西方民主，他的主要论点并不是用正统的马克思主义观点来分析的，西方式民主会造成“资产阶级专政”，而是说，如果在中国实施西方式民主，将会产生许多不必要的过激的政治运动。他在接见南斯拉夫共产主义者联盟中央主席团委员史特凡·科洛塞克（Stefan Korosec）时，对这一点阐释得最有力量。
他说：
资本主义社会的民主是资产阶级的民主，事实上，就是独裁式的资本主义民主，而不再是多党选举或是三权分立制。我们可不可以实行这种制度？……我们的制度是在党领导下的全国人大和人民式的民主，社会主义制度的最大优点是，当中央领导作成决定后，可以立即执行，不会受到任何其他部门的干预。
1987年10月底举行的党的第十三次全国代表大会（十三大）是一件大事。邓小平在会前就已经示意，他不想再被选入中央委员会，所以他的名字并未被列入候选人名单中。另外多位年老领导人也是一样，包括陈云和彭真。由于不再是中央委员，所以，邓小平也就没有资格被中委会选举进入政治局或政治局常委会。但是，他还是再度被选为军事委员会主席。据说，邓小平本来也想从军委会主席一职上退下来，但到最后关头才被劝说留任（中共党章规定，军委会主席至少一定是中央副主席，因此，中委会特别修改这条规定，才能任命邓小平出任军委会主席）。事实上，邓小平再度担任中央军委主席，幕后的原因是，军委会的那些老一辈军人不欢迎没有军事背景的人出任他们的主席，而邓小平本人又不愿让军方人士出任这个职位。
另有三位资深老干部也获选出任重要的职位：陈云成为中央顾问委员会主任，薄一波出任副主任，杨尚昆则成为军委会常务副主席。杨尚昆这个职位是新设的，从而使赵紫阳出任中央军委第一副主席（这是邓小平坚持的）。
根据政治局常委会的建议，新选出的中央委员会在第一次全会中做出决定：邓小平虽然已经退出中央委员会，但他的党与国家领导人的地位并没有改变。中共官员在1987年秋天一再向外宾强调，邓小平仍然是中国的“最高领导人”，而且在十三大结束后所出版的邓小平官方传记中，也清楚记载了中委会的这项决定。
在1988年当中，很少有人谈到资产阶级自由化或是精神污染等问题。当时，在党和政府的秘密会议上，以及一般社会大众所最常谈到的问题，是通货膨胀—原料和消费品物价仍然快速上涨。
当时担任代总理的李鹏，在向“全国人大”提出的报告中承认，这个问题相当严重。他在报告中指出，中国当前在经济与社会生活中所面对的最重大问题是，物价的过度上涨，而且，在某种程度上来说，这个问题已经影响到人民生活水平的改善，甚至已经降低某些城市居民的生活水平。他说，物价改革正按照既定计划“一步一步”进行，但他也提到增加供应与抑制需求的一些措施，同时也宣布一些主要物品的价格上限。他没有提出当时的通货膨胀率是多少，但大家都知道，很多消费品的通货膨胀率已经超过20%。
物价飞涨使人们争先恐后抢购物品，以免物价上涨得太快，而供货商看到这种情形，也开始囤积商品。这种情形造成恶性循环，物价愈涨愈凶。到了那年夏末，抢购消费品已经成为上海等大城市每天常见的市景，银行也开始出现抢兑人潮。
党采取两项步骤对付这项危机。8月间，政治局决定，虽然应该继续进行“价格解放”政策，但财政与金融政策应该紧缩。9月间，中央委员会冻结物价改革，并且通过决议，把“改善经济环境和矫正经济秩序”列为1989年和1990年的施政指导方针。
在这个过程中，邓小平究竟扮演什么样的角色，并不清楚。
1989年春天，席卷中国大陆各大城市—不仅只有北京而已—并因而动摇全国基础的一项大运动发生了。
导致1989年学生运动的一项事件，是事先不可能预料到的：胡耀邦在4月初参加政治局的一项会议时，突然心脏病发作，一个星期后，在4月15日，胡耀邦去世了。
到了4月15日傍晚，北大学生已经在校园的树上挂上白色花环，并在墙上贴上大字报。第二天，其他大专院校也群起效法。
4月17日星期一，几百名学生从北京西北郊区的大学区游行前往天安门广场，并在人民英雄纪念碑下面拉开悼念胡耀邦的布条。
胡耀邦的追悼大会在人民大会堂举行，时间是4月22日，正好是他去世后一周。包括邓小平在内，大部分的党领导人都出席了这次追悼大会。赵紫阳宣读对胡耀邦的悼念文，高度赞扬了胡耀邦的功绩，丝毫未提及胡耀邦所犯的错误或缺点，也没有提到造成他下台的原因。
在人民大会堂外面，将近十万名学生在广场上或站或坐，每当有参加追悼会的官员到达或离去时，他们就高喊口号，但其余时间则很安静。这些学生都是在前一天晚上排着整齐的队伍抵达广场，并获得追悼大会主办单位的保证，只要他们在追悼大会进行期间留在广场内，就不会对他们采取行动。但他们并未获准进入人民大会堂向胡耀邦遗体告别。
邓小平可能花了好几天时间思考“学运”的问题。4 月25日，他明确地对学生运动表态，而他的态度也就成为官方对“学运”立场的基础。当天，李鹏和杨尚昆（他这时是国家主席和军委会常务副主席）一起到邓小平家中，向邓小平报告政治局前一天晚上开会的情形。
政治局这次会议的情况显得相当神秘。赵紫阳前往朝鲜进行正式访问，因此，这次会议就由排名第二的李鹏召开与主持。
邓小平在听完李鹏的报告后，表示他同意政治局所作的决定，并且进一步提出他自己的看法：这次学运不是普通的学生闹事事件，而是一次政治动乱，目的在制造混乱，以便否定党的领导和社会主义制度。
《人民日报》在4月26日发表一篇题为“必须旗帜鲜明地反对动乱”的社论，文中引用邓小平的几句话。社论中说，如果允许“一小撮人”继续利用民众对胡耀邦去世的哀思来闹事，将使全国陷入混乱中，并将毁掉人民的希望。
从5月15日到18日，苏联总统戈尔巴乔夫访问北京时，情况更是糟糕。原先安排好的接待计划，包括在天安门广场对戈尔巴乔夫举行正式的欢迎仪式，都被迫取消。戈尔巴乔夫不但没有在礼车引导下，坐车风风光光地行经街道两旁挂满两国国旗、忙碌但和平的北京市，相反的，他必须在重重军队的保护下，坐车穿过虽然友善、但显然已不受官方控制的混乱人群。
在天安门广场上，为了欢迎戈尔巴乔夫而悬挂的他的画像，早已被学生取下，改而挂上胡耀邦的画像，并有一大群学生对着他的车队挥舞长布条，布条上的文字内容是欢迎他以改革和开放的创始人身份来访，并且质问，中国的戈尔巴乔夫在哪里？
邓小平和戈尔巴乔夫见了两次面，一次在人民大会堂，一次在接待戈尔巴乔夫的晚宴上。两人相谈甚欢。但两人一定也对当时的混乱情况表示遗憾，邓小平一定也对未能好好接待这位斯大林与赫鲁晓夫的继承人，表示抱歉。但更令邓小平感到惊讶的，一定是这个事实：全世界的新闻媒体代表（包括几百名新闻记者和几十名摄影记者）所感兴趣的，竟然是露宿在人民大会堂台阶下的那一群对政治表达不满的学生和他们的所有活动，而不是大会堂内的活动；吸引他们注意力的竟然是学生们的标语和布条，而不是意义如此重大的他和戈尔巴乔夫的握手。
5月上旬，学运的规模愈来愈大，而且气氛愈来愈激烈。学生成立一个正式组织，每天发行报纸，并在5月13日开始在天安门广场绝食抗议。
赵紫阳，在5月19日清晨四点前往天安门广场探视学生，并对学生说，他“来晚了”，请求学生原谅，从那时候起，赵紫阳就不再公开露面。根据一项官方说法，赵紫阳拒绝参加当天举行的中央与北京市党政军干部大会，而李鹏则在会上宣布，将采取坚定的行动对付一切动乱，揭露“极少数人”的政治阴谋。这项官方说法说：“因此，他（赵紫阳）公开显示和党脱离。”
北京在5月20日早晨宣布实施戒严，国务院的戒严命令是由李鹏签署的。接着又很快颁布三道命令。第一道命令禁止游行、示威、罢市、罢课与罢工；第二道命令授权军队和安全部门在必要时可以使用武力处理状况；第三道命令禁止所有新闻记者（中国或外国记者都包括在内）在未获官方许可下进入戒严地区报道或摄影。这些命令所显示的意思相当明显—党和政府已经下定决心结束学运，驱散学生。但在这个阶段，对政府来说，比较不确定的是，要是“学运”真的解散了—这时候，学生内部一些领导人的立场已经开始出现分裂，同时，也有一些学生父母哀求学生们回家，还有很多知识分子呼吁学生结束抗争。
军队终于在6月3日晚上至4日凌晨这段时间进入北京。
6月9日，邓小平在电视上露面，这也是他自戈尔巴乔夫访问北京以来的首次公开露面。电视的新闻报告中显示，邓小平在戒严部队指挥部，向戒严部队军级以上干部讲话。这时，戒严部队已经控制北京城内所有重要建筑物和重要路口。
邓小平首先对在冲突中死去的军人、武警与公安警察的“烈士”，表示“沉痛哀悼”，对受伤的官兵与警察表示慰问。接着，他要求在场所有的人起立替“这些烈士”默哀。
邓小平接着对戒严部队的这些军级以上干部指出，这场风波迟早都会发生。他说：“这是国际的大气候和中国自己的小气候所决定的，是一定要来的，是不以人们的意志为转移的，只不过是迟早的问题，是大小的问题。”
邓小平接着又指出，党的这些年轻战士们完成了他们的任务，而且“在生命危险面前，他们没有忘记人民，没有忘记党的教导，没有忘记国家利益，面对死亡毫不含糊，慷慨赴死，从容就义”。他说，这些军人证明了，军队是“党和国家的钢铁长城”，“我们永远也不要忘记，我们的敌人是多么凶残，对他们，连百分之一的原谅都不应有。”
邓小平在接下来的谈话中，完全谈到他的政治与经济计划，好像他是在某项工作会议上向一群党或政府官员谈话，而不是向一群参加战斗的军人讲话。他很详细地回顾了中共自1978年以来的政治历史。他提出了好几个问题，然后自己一一加以解答，最后则问到，党的十三大制定的路线方针政策—也就是所谓的“一个中心、两个基本点”，“一个中心”是指“以经济发展为中心”，“两个基本点”是指“四个坚持”和“改革开放”—是不是错了？当然，他的答案是可以想象得到的：这些路线方针政策是正确的，没有错。
邓小平后面这一部分的讲话内容，并没有引起国外人士的太多注意。然而，从他的谈话中可以看出，他敏锐的政治头脑仍然在活动中，并且正在严密提防可能降临在他身上的两项危险：他的很多同志可能把造成“学运”的原因，归咎于他的改革政策；赵紫阳的失势，可能使得这一战略容易受到他人的攻击。这也同时显示出，邓小平的政治方法并没有改变，他仍然采取先发制人的办法，但当时全世界都不知道，他的这项谈话竟然藏着这么多的玄机。