同治七年（1868）二月，42岁的孙家鼐回到京城，走进帝国最高等级的学校：庶常馆、上书房，教习庶吉士和王子。从此，他都是在京城为官，无论其官职如何升迁、官位如何显赫，从本质上看，他一直是个教师，而且是一个最为高级、最为杰出的教师，他在探索中西教育融合、寻找教育救国的道路上冲锋陷阵，成就斐然。