重返学校
听说又可以返回格兰瑟姆中学念书，牛顿不禁欣喜万分，他又可以和斯托瑞小姐见面了，也可以在药局的二楼做自己喜欢的事了。
斯托瑞的心情和两年前一样。克拉克药局的人们，房里面的任何事物都和两年前一样。白老鼠仍然忙碌地转动风车，和牛顿一样高的水漏时钟仍然悄悄地滴着水给大家报时。
1600年，牛顿重返格兰瑟姆中学。复学的牛顿，可以说是一位模范生。牛顿心里很清楚家里的贫穷，所以在各方面都尽量节省。鞋子穿得露出脚趾，裤脚和上衣的肘边都磨破了也不换新的。衣服破烂得太厉害时，斯托瑞就会拿出针线替他缝补。
格兰瑟姆中学是一所文法学校，主要学习拉丁文。那个时期的英国，拉丁文占有重要的地位，大学的讲义、学术书籍、公文等，都用拉丁文。所以，想进入上流社会的年轻人，不先进入文法学校的话，是不可能接触到上流社会的。当然，文法学校的学科不只是拉丁文，还有神学和数学。神学是讲授有关基督教的“神”的学问，不学习神学就无法传教，所以想从事牧师这行业的人，必须念神学。文法学校的数学，主要是几何学。几何学就是研究圆、直线、三角形等图形的学问。在几何学里，三角形内角的和一定是一百八十度，学生必须思考如何作合理的证明，所以几何学可说是训练正确逻辑思维的一门学科。
罗伯特·波义耳在这一年发现了波义耳定律：“在密闭容器中的定量气体，在恒温下，气体的压强和体积成反比关系。”
与此同时，英国另一位名叫胡克的物理学家，他把轻的或重的东西吊在弹簧上以观察重量和弹性的关系。研究的结论是：“在弹性限度内，物体的形变跟引起形变的外力成正比”，这就是胡克定律。这个定律发表于牛顿复学的第二年，并被大家广泛接受。
牛顿十分用功，在学校里没人比他更努力。不过，星期六他也和别人一样，到镇里的教堂去倾听牧师讲道。牛顿从教堂出来时，只要天气好，就和斯托瑞一起到郊外游玩。秋天的一个天气晴朗的星期六，从教堂出来后斯托瑞说：“牛顿，今天的讲道很有趣吧？”
“有趣，也很奇妙。能那样明白的论证神的存在，我是做不到的。”牛顿近来开始以大人的口气和斯托瑞谈话了。
“神本来不就是存在的吗?”斯托瑞说。
“人们的肉眼看不到神，是用心看到的。”
“不论哪一个国家，总有不信神的人。”清爽的秋风抚弄着斯托瑞的秀发，天上飘浮着朵朵白云。
“论证是件很有趣的事情，斯托瑞。”
“神是会显现奇迹的。”牛顿牧师式的语调，使斯托瑞感觉奇怪，她仔细地看着他的脸，没有说话。
“基督显现了奇迹。”他又继续说下去。斯托瑞睁大了眼。
“所以，基督是神。”斯托瑞再次回过头去看了看牛顿的脸。
“这就是论证，是三段论法……”
“当然是这样啊。”斯托瑞不大高兴地说。明明白白的事情，故意说得玄奥高深，使她感到讨厌。
“斯托瑞，其实这个论证并不正确。”牛顿突然皱着眉，小声地说。
“什么是错误的?”斯托瑞不理解。
“三段论本身无误，问题在于使用的方法。”
“我一点儿都不懂。”牛顿看似矛盾的话，让斯托瑞更难理解了，她不想再听下去。
“斯托瑞，再听听吧。”牛顿请求道，斯托瑞答应了。
“《圣经》里面记载奇迹。事实上是没有奇迹的。只要发生了罕见的事情，愚昧的人们就认为是奇迹，其实这只是一种自然规律。”牛顿把自己的想法一一说给斯托瑞听。
“牛顿，你说的自然规律，我认为好像是神的法律……”
一听到这句话，牛顿高兴得要跳起来。“这样想就对了。自然界的万事万物，无一不是神的安排。一切都是奇迹，一切也都不是奇迹。”
“那是什么意思呢?”斯托瑞歪着头温柔地问。
“同一个神显示出的事情，你认为有的是奇迹有的不是奇迹吗?”
“不知道。”斯托瑞回答。斯托瑞刚在教堂里听了基督的奇迹。虽然觉得牛顿的说法比牧师的讲道更为合理，但不能全盘接受他的说法。“不知道”就是表示她的迷惑。
“我想说的是，自然界的事物，只是两种情况，都是奇迹或者都不是奇迹。”起先有点羞涩的语调，越来越激动，牛顿的脸涨红了。
“回到论证的话题吧。”牛顿平复了一下语气接着说道。
“以我的想法来推论，‘神会显现奇迹’的这个前提是错误的，所以‘基督是神’这个结论就错了。三段论法没有错……”斯托瑞默默地低下头。牛顿对基督、对奇迹的这番言论，她认为是在正面攻击牧师的说法。
“你知道犹大吧。不论这个背叛者怎么要求，基督都拒绝显现奇迹。奇迹不是被祈求就能显现的，这对于神或对于基督都是一样的，最重要的是，基督拒绝显现奇迹。”
“但基督显现了奇迹。”斯托瑞的声音欠缺说服力。
“《圣经》虽有记载，但那是不正确的。事实上，一切都是遵循自然规律而产生的结果，不是奇迹。”牛顿有力地反驳道。斯托瑞更觉得莫名其妙了，也不知为什么，一阵悲哀袭上心头。
牛顿在学校里学习几何学，解决几何上的问题，最重要的就是证明，论述过程就是证明。几何学也可说是图形的证明学。牛顿学习几何学的时候，深深地被证明过程所吸引。对于证明中出现的问题，非得打破沙锅问到底不可。
在格兰瑟姆中学又学习了一年左右的时间，牛顿顺利地毕业了，他是带着优秀学生的声誉参加毕业典礼的。牛顿即将离开格兰瑟姆，他唯一难以割舍的是斯托瑞，两人在这几年中已经建立了深厚的感情，但是，他们的爱情还未开始就已经宣告结束了。后来，斯托瑞嫁给了他人，而牛顿终身未娶。