光复马尼拉
麦克阿瑟计划进攻棉兰老岛，棉兰老岛距马尼拉300公里，距雷伊泰500公里，美军总部给麦克阿瑟下令：“此举太过大胆，且执行上太冒险。”但麦克阿瑟此时急于想收复马尼拉，对华盛顿的命令置之不理。
最初金凯德也表示反对，他认为舰队进攻棉兰老岛必须穿过苏里高海峡和苏禄海，很容易遭日机攻击。麦克阿瑟坚持认为山下因为在雷伊泰的惨败，不敢再为坚守棉兰老岛作太大牺牲，而且他需要保持军力守卫马尼拉，金凯德被说服了。果然不出麦克阿瑟所料，棉兰老岛没有重兵驻守，第七舰队完成了使命，美国大兵仅用几个小时就占领了全部日军放弃的空军基地。
棉兰老岛干燥而坚实，肯尼视察过基地后，十分满意。在麦克阿瑟的计划中，棉兰老岛是跳往林加延湾的“最后踏脚石”。他和敌人都很清楚，假使山下失去了吕宋，美军进攻日本本土，中间就只剩下琉璜岛和冲绳岛两个据点了。
1945年1月3日晚，士官仰望司令部阳台，看见将军在默默地走来走去。
“他的动作和步伐，都与往常不同，他没有拿烟斗，没有戴那顶著名的巴丹帽，秃着头，双手在背后紧握着，缓缓踱步，脚步缓慢得好像在测量，一个人在阳台上……他那威武的身影在沉思中缓缓移动。”
接近吕宋的战争，将掀起第二次世界大战在西南太平洋区的**。麦克阿瑟正在思量，第二天早上，将会登上旗舰“玻伊斯号”轻巡洋舰，向仁牙湾前进，将统率太平洋上历来集结的最大舰队——1000艘大小船只、3000艘登陆艇，率领28万名士兵，但是山下有275000名士兵，太平洋区最庞大的军队正以逸待劳地在等着他。
圣诞前三天，山下就已经开始准备迎敌，把劳威尔的傀儡政权（包括曼努埃尔·罗哈斯在内）迁到了较易防守的夏都碧瑶，离马尼拉200多公里的山区，如今，麦克阿瑟的舰队逼近，他自己的司令部也搬到了碧瑶。这位高大强壮的日军将领十分自信，并夸下海口：“失去一两个岛屿算不了什么，菲律宾的领土广大得很，我们可以随心所欲地大战一场，我将在菲律宾群岛为大东亚光荣圈写下辉煌的一页历史。”
东京电台访问山下后广播道：“吕宋之战，30万的美国军官和士兵注定将要在此送命，等着瞧吧！”
其实，山下心里已经绝望，只是不敢表现出来，他认为美军的炮火猛烈，同时哈尔西航空母舰又在海面巡逻，如果坚守海岸线进行顽抗没有任何意义，所以全部撤离。他在拖延吕宋本岛的抵抗，为的是绊住麦克阿瑟的大军，使日本有充足的时间在本土建筑防御工事。
防守的军队在战略上有很多优势，山下清楚知道敌人将在什么地方进攻。麦克阿瑟虽想给他一个措手不及，但吕宋中部的大平原是美军坦克部队最理想的进攻路线，只有仁牙湾适合进攻，所以麦克阿瑟也只好效仿三年前本间进攻时所采取的路线。罗米洛还很清楚地记得自己在听到马尼拉广播“在仁牙湾发现80艘敌军运输舰”时的惊愕。
金凯德舰队的士兵也在震惊，日本神风特攻队的攻击力达到了巅峰——40艘美军舰只被击伤或沉没了，可见敌军的潜艇还是很活跃的。
麦克阿瑟站在后甲板上观战，目睹两枚鱼雷向“玻伊斯号”射来，船长却巧妙地躲避过去了，麦克阿瑟对他很赞赏，又眼见敌人潜艇在“玻伊斯号”左舷上升时被美军驱逐舰击中，更为赞赏。过了一会儿，麦克阿瑟回到舱内，正在这时有一架神风零式机冲向“玻伊斯号”，艾奇勃医师大惊失色，但是差不多三秒左右，零式机在转向另一艘船时被高射炮击中爆炸了。
“玻伊斯号”甲板受到震**，医师急忙下舱，看到麦克阿瑟躺在铺上，紧闭双目，还以为他在假寐，因为这种时候，没有人能够熟睡。他在门口为麦克阿瑟计算呼吸，1分钟呼吸16次，表示正常脉搏是72次，他进舱给麦克阿瑟把脉的时候把他弄醒了。医师问他怎么会睡着呢？他道：“我已经看到了我要看的全部战斗，所以我想睡个午觉。”
麦克阿瑟在他的回忆录中记述：
当这强大的舰队驶近海岸时，我看到了往日所熟悉的标志，认出了水平线上在阳光中发亮的地形——马尼拉、科雷吉多尔、马里维尔斯、巴丹。我真不想离开船栏，在我旁边的僚属们一个个走开了，我一个人孤单地沉浸在回忆中，一幕幕难以忘怀的旧时景象让我有一种难以形容的复杂感觉——困惑、悲哀、孤独和庄严的奉献。
1月10日清晨，美国大军迫近海岸，纷纷登陆。忽然刮起的一阵飓风让麦克阿瑟乘坐的小艇无法靠岸，麦克阿瑟便蹚着水登陆了。两天后，他把司令部设在了仁牙湾东面32公里的达古潘镇的一所学校内。
麦克阿瑟急着光复马尼拉，敦促克鲁格快速进军。克鲁格推想敌人一定会设重兵保卫首都，麦克阿瑟则料定山下为保持实力，一定会退守山区，并坚持说：“50年前，我看着我父亲在这片土地上获得胜利。我对这里的地形，无论每个起伏、每寸土地，都十分熟悉。”
他觉得可以避重就轻，绕道稻田小镇间的道路，直达马尼拉。他确信日军的一级司令官都知道首都马尼拉没有战略价值，是不会重兵设防的。
克鲁格力争不能轻敌，但是一路进军却没遇到顽强的抵抗，很轻易地就攻下了克拉克机场。克鲁格正在整顿机场，麦克阿瑟已迫不及待，又闪电进军向山下示威，第六军向马尼拉推进时，麦克阿瑟派军一团登陆纳苏格布湾，没费一兵一卒就取得了要港奥隆加坡。
麦克阿瑟身先士卒，亲临前线督战，他希望1月26日，也就是他生日的时候能攻下马尼拉，但事实上很难办到。2月3日先头部队逼近市郊，一两天后，战地公报宣称：“我军迅速扫**马尼拉敌军，包围了守军。该城很快就会被攻下。”
罗斯福、丘吉尔等纷纷电贺麦克阿瑟的成功。莱希向罗斯福总统报告，麦克阿瑟已到达城外，救出了美国战俘。
艾克尔伯格记述道：“大首领可能会在最近的三四天内进入马尼拉。”但两天后，他们就接到了麦克阿瑟官式的邀请入城。事实上，当时城内的街道砖砾遍布，血肉狼藉，正式入城，还要等一个月后。日军杀戮平民将近10万，其残酷暴行，令人发指！
麦克阿瑟进城后，首先救出了集中营的俘虏，打开了老比利比德监狱的大门，放出的人都是衣衫褴褛、惨不忍睹，有的泣不成声，有的用微弱的声音说着：“你回来了！”“你成功了！”麦克阿瑟很难过，只是说：“我来迟了，不过我们还是回来了。”
1945年2月27日，麦克阿瑟走进了铺着红地毯、完整如昔的马拉卡南宫，把首都正式交还给了奥斯梅纳总统，并致辞：
自从我们的部队和各种设施撤出这座美丽的都市后，已经过去三年了，辛酸、挣扎和牺牲的岁月都过去了。按照战争规定，这座不设防的城市，它的教堂、纪念塔碑及文教中心，不应该受到军事行动的摧残，但是敌人对此却置之不顾，很多我曾设法保护的东西，都被敌人在危急时刻，在垂死挣扎的行动中，恣意破坏。但是，这些灰烬也注定了他们自己未来的命运。
现在我代表敝国政府郑重宣布，总统先生，贵国宪法上全部的权力与责任，贵国政府依照法律规定在此首都所在地上重建。因此，贵国可以重新在自由国家的世界中，自由地谋求受人尊重的地位。贵国的首都虽然历尽沧桑，但现在又重获公正地位——远东民主国家的一座堡垒。
麦克阿瑟说得声音震颤，双手蒙脸而泣，过了一会儿，他用衣袖擦擦眼睛，又继续说道：
愿卑恭而虔诚地向万能的上帝感谢，感谢他把最后的胜利给我们，请在座的各位和我一起朗诵主的祷词。
麦克阿瑟在回忆中记述：
在别人看来，这似乎是我不朽的胜利时刻，但我自己觉得，似乎只是我心力交瘁到了极点。它已经伤害了我内心的一些东西——眼看着我的士兵一个个离去。
3月2日，麦克阿瑟带着巴丹的一批旧属重新返回科雷吉多尔，该岛已面目全非，被破坏得无法辨认了。麦克阿瑟看到这种情况，对众人说：“各位，科雷吉多尔就是现实的证明，巩固堡垒的时代已经过去了。”
麦克阿瑟对佃农的情况很同情，对于那些现在远在海外的西班牙和美国的地主，甚是憎恨。他提议要惩罚那些在沦陷期间与日军合作的叛国分子，但也在尽力为他以前的朋友开脱。他对奥斯梅纳总统有些偏见，认为他们之间很难合作。
麦克阿瑟压倒性的胜利，让碧瑶的傀儡政府很惶恐，他们向山下求助，山下便派飞机在3月19日将劳威尔及其他三人，从台湾送到了日本。
4月中旬，美军第三十三师逼近夏都碧瑶时，罗哈斯和其他三名部长，还有最高法院司法官逃入了美军的警戒线。麦克阿瑟听闻后，立即命令飞机把罗哈斯接到马尼拉，并命令《自由菲律宾》主编发布消息，标题为：
“罗哈斯随被解放民众逃出，四名阁员被擒。”
内容说明是“四名与傀儡政府合作分子被捕，在战争未结束前为了军事安全而受监禁，并移解到菲律宾政府审讯处理”。但麦克阿瑟称罗哈斯曾多方面协助游击队，应予分别处理。
1945年3月，琼带着儿子阿瑟和女佣亚珠等从布里斯班到了马尼拉，麦克阿瑟一家分别四个多月后又重新团聚了。
麦克阿瑟对阿瑟很溺爱，每天一定会抽出时间陪伴他，琼担心这样会把儿子宠坏。琼当时想送阿瑟进学校读书，但战后一切还没有复原，好多学校都被毁了，所以他们只好请了一位英国夫人给阿瑟做家庭教师。
凡是和麦克阿瑟相处过一段时间的人，即使很短时间，也能感觉出麦克阿瑟的头脑不凡。约翰报道：
即使是战争资料局的罗伯特·休武德和麦克阿瑟会谈三个小时，也会对他佩服不已，自叹不如。因为在他的头脑里不知何时已经定下了将来征服日本后如何统治的最详尽的细节。他的构想总是辉煌、广阔而大胆。休武德曾想，不管军事范围内发生什么事故，都应该给他一个机会把他浩大的计划付诸实施。
麦克阿瑟还告诉休武德：对日战争的胜利，会给美国对亚洲的前途有着极大的影响力。如果美国对这种影响力使用帝国主义的形式，或者只顾片面的商业利益，那会丧失大好的黄金机会；但是，如果把我们的影响和力量，用真实的自由主义来表达，那将会获得亚洲人民永远的友谊和合作。
麦克阿瑟也曾对另一位访客、海军部长詹姆斯·V.福雷斯特尔讨论过未来占领日本的问题，福雷斯特尔在日记中记述：
他谈到了美国能够对抗共产主义的两大思想方针：一、自由与解放的思想；二、基督教的思想。
约翰还感觉，麦克阿瑟的专横随着他战争的胜利而日盛。
雅尔塔会议中，罗斯福和丘吉尔要求斯大林派兵参加对日战争，斯大林乘机提出条件，例如：各国要承认外蒙古的自治，大连商港国际化，苏联享有优先利益，库页岛南部及其邻近各岛归还俄国，千岛群岛割与苏联，中东铁路与南满铁路由中、俄共同管理。麦克阿瑟也知道攻占日本，很需要苏联参战。罗斯福听了参谋总部的报告后决定：只要苏联愿意参加远东战争，就接受斯大林在雅尔塔所提出的任何条件。
为了协助盟国，华盛顿命麦克阿瑟攻取婆罗洲几个据点。麦克阿瑟率领着部分澳洲军队，亲临前线督战，他身先士卒、不惧炮火的一贯作风，深获澳洲军的钦佩，几个据点很快便拿下了。
麦克阿瑟进军很顺利，不久便攻下了硫磺岛与塞班，并以这两个地方作为空军据点，使美国空军B29型空中堡垒能够直接轰炸日本本土。日本国内的人民起初都以为战争即将胜利，敌人即将投降。等到硫磺岛失陷，美国海军炮轰沿海城市的时候，才明白了真相，个个惊慌失措。
1945年4月1日，盟军进攻了距离日本九州仅50公里的冲绳，这更让日本人民震惊不已。看样子，登陆日本本土的日子为期不远了。
肯尼因公赶赴华盛顿，3月20日罗斯福在病中召见了他，嘱他转告麦克阿瑟，有重大工作将要委任给麦帅——地点是菲律宾之北。肯尼返回马尼拉后，向麦克阿瑟报告，说他将是统领盟军进攻日本的总指挥官。麦克阿瑟不相信，说：“我知道将由尼米兹担任，我只是负责肃清菲律宾残敌，南征荷兰属地东印度。不过，是谁告诉你的？”
肯尼答道：“一个叫富兰克林·罗斯福的人说的。”肯尼后来描述当时的情况：
麦克阿瑟竭力想控制自己的表情，但还是没有控制得住，他跟我一样高兴……我对尼米兹没有反感，但还是觉得麦克阿瑟是执行此任务的较适当人选。
4月3日罗斯福总统下令改组太平洋区军事指挥权，原来的地区划分已不适合，应该废止。尼米兹负责统领所有海军，麦克阿瑟担任地面军队总指挥，一切军事行动，由海、陆、空三方面密切合作。不久，罗斯福逝世，指挥权问题又起了争执。福雷斯特尔记述：
4月中旬在关岛举行正式会议，盟国外交官也出席参加，麦克阿瑟的代表竭力争取太平洋区陆上及空中军事指挥全权，仅由海军担任海上支援行动。
亚诺尔特在日记中记着：
尼米兹不同意肯尼的空军轰炸敌舰，或在海岸15公里以外有所行动，坚持认为海军有进入日本内海的第一优先权。
福雷斯特尔记述：
麦克阿瑟觉得尼米兹是他的好朋友，但是他怀疑对方并不把他当朋友。
麦克阿瑟向艾克尔伯格说：“海军的目的是战后控制全部海外形势，而陆军只是作作警卫罢了。”他还说海军不想依靠陆军的协助击败日本，陆军的《步兵日报》编辑在出卖陆军，只知道替海军宣传。总之，每个人都在与麦克阿瑟作对。尼米兹坚决表明立场：“海军不向陆军屈服。”
当时，日本将领正在积极准备防御进攻，绝不放弃保卫乡土的努力，并夸口盟军如来进攻，将遭遇猛力反击。但是，麦克阿瑟看法不同，他要求五角大厦和国务院采取安抚态度，并预料到局势的突破将是东京方面主动，而非日军。但是，华盛顿方面却无人相信他，并认为日本非常顽强，还能够支持两年。
事实上，麦克阿瑟的观察是正确的。天皇本人希望和平，驻莫斯科的使节也正在进行试探和平。假如罗斯福总统没有死，他一定能感觉到和平的可能。杜鲁门继任后不久，因缺乏外交经验，仅仅依靠艾奇逊、麦克尔罗伊和霍普金斯等顾问主持大计，他们主张，除非废黜天皇，无条件投降，否则战争很难停止。麦克阿瑟知道他们的主张后很吃惊，他明了日本军民顺服天皇的心态，除非天皇下令，否则日本军民是不可能投降的。当时如果能顺从麦克阿瑟的主张，也就不用投掷原子弹了。
在广岛投掷原子弹的前两个星期，麦克阿瑟就告诉肯尼，日本最迟会在9月1日投降，或许还会提前。
8月6日，第一颗原子弹丢在了广岛，两天后苏联宣布参战，向中国东北九省进军。8月9日，第二颗原子弹投向了长崎，8月12日杜鲁门下令B29停止轰炸日本，8月15日天皇下令东京时间下午4点停止一切军事行动。杜鲁门获得各方同意指定麦克阿瑟为盟军最高统帅，接受日本投降。