巫蛊之祸
司马迁被任命为中书令后，我们几乎看不到有关他生平的记载了。除了汉武帝继续进行的巡游活动，他可能随行圣驾之外，我们只看到一件关于司马迁的事情，那就是他在大概55岁的时候写给朋友的一封信。这封信读来**气回肠，极为感人，千古以来为人们所传颂，是研究司马迁不可或缺的史料。信中有关他自请腐刑以求活着的动机的表白及受刑后的心情描绘，尤其可贵。
现代办报，讲究“报人不上报”。其实司马迁写史的活动本质上有点像记者，他可能也抱着“史家不上史”的想法，关于他自己的事迹，《史记》中没有详细的记载，仅留下了一点蛛丝马迹。这封信的内容在前面已引用过多次，即《报任安书》，录在《汉书·司马迁传》中，后来《昭明文选》也把它选了进去，不过具体字词有点出入。我们现在要了解的是司马迁写这封信的背景，以及他在信中所做的表白。
《报任安书》的背景简单点说就是巫蛊之祸。巫即巫祝，自称能与神相通的为人祈祷者。蛊的本意是蛊毒，造蛊之法是把百虫放在一个器皿中，让他们相食相哄，最后战胜百虫而独存者就是蛊。如果把蛊放在食物中，会使人昏狂失志，所以引申为“惑”的意思。巫者以巫术害人也叫蛊，巫蛊之祸的巫蛊，指的就是这种意思。古代巫术比较普遍的方法是埋木偶祭祀之，诅咒所恨之人，使被诅咒的人倒霉，所以巫蛊也指埋木偶。这种巫术由来已久，由此而获罪被诛杀的事情时有所闻，不过汉武帝时这种事情比较多，因为汉武帝最信鬼神，方士神巫之流大行其道，巫蛊害人之术自然也兴盛起来。
史上所称的巫蛊之祸，一般指发生在征和二年，即公元前91年的这次皇室悲剧。早在公元前130年 ，即司马迁16岁那年，汉武帝的后宫之中就曾发生过陈皇后因巫蛊被废的案件，牵连三百多人。而征和二年这次，死者前后将近20万，被害的主要人物是太子刘据和其母卫子夫。
这个悲剧发生的原因大概有三点：
第一，事件发生前三年，即公元前94年，钩弋夫人生皇子弗陵。钩弋夫人是汉武帝晚年的宠妃，刘弗陵就是后来的汉昭帝。刘弗陵被孕育14个月后才出生，汉武帝听说尧也是14个月才出生，于是就命其诞生的地方为“尧母门”。这个举动使一些臣子敏感地察觉到汉武帝极疼爱这个幼子，可能会传位给他，于是萌生了危害太子刘据和卫皇后的念头。
第二，汉武帝经常给太子刘据参与决事的“实习”机会，父子两人的性格、作风完全不同。汉武帝严苛，而太子刘据宽厚。因此，群臣凡主宽厚者多依附于太子，而秉汉武帝之意、实际执法的大臣都诽谤太子。自从卫青去世后，卫皇后母子失去了有力的依靠，那些反太子的人士纷起加害之心。
第三，当时有一个专门为汉武帝监视贵戚近臣的特务，名字叫江充，极受汉武帝的宠爱。他与太子刘据有嫌隙，这时候汉武帝已经六十多岁了，恐怕即将不久于人世，要是由太子刘据继位，一定会对他不利，所以江充时时等待机会要加害太子。
在这三种情况下，太子刘据的处境实在是非常危险。只要一个不小心，他就有可能从东宫的那把椅子上摔下来，甚至死无葬身之地。这时候的汉武帝越发喜欢求神仙了，一些方士女巫齐聚长安，邪道惑众。后宫本来就是个充满了争宠妒忌的地方，女巫们很自然地被引入宫中，替那些美人后妃行巫蛊之术。演变到后来，就常有人到汉武帝面前告密，说某人诅咒皇帝，汉武帝大怒，诛杀了涉嫌的数百人。但也从此疑神疑鬼，有一次他白天睡觉时梦见数千个木人持杖来攻击他，醒后感觉身体不适，整天恍恍惚惚，日益健忘。
江充敏锐地察觉到这是天赐良机，就向汉武帝说他的病完全是巫蛊作祟。汉武帝派他为使者，专门惩治为蛊者。这种事情要嫁祸于人实在是太简单了，在谁家挖到木偶，谁就是为蛊者，反正根本没有方法鉴定木偶究竟是否是涉嫌者所埋。因此，只要有办法把木偶埋到预定的地方，要害谁就可以害谁。江充先到民间调查了一番，杀了数万人，然后又回过头来，把矛头直指宫中。结果很“准确”地在太子宫中挖到了大批木偶，江充说：“太子宫中得木偶最多，又有帛书，所言皆不道，当奏闻皇上！”太子最初仍保持镇定，因为他根本没有加害自己父亲的理由，自信稍加解释就可以脱罪。可是后来因为始终无法与在甘泉养病的汉武帝取得联系，太子觉得可疑，想亲自前往，又被江充逼得走投无路，最后只好听从少傅（太子的老师）的建议，派人伪装为皇帝使者，搜捕江充，宣布汉武帝卧病甘泉，江充谋反而发兵镇压，并亲自监斩江充。汉武帝在甘泉误信了江充同党的报告，以为太子谋反，于是命丞相发兵与太子交战，双方军队在城中混战五日，死者数万人，血流成河，非常惨烈。最后太子兵败，与卫皇后皆自杀而死。
《报任安书》
司马迁的朋友任安，字少卿，早年在大将军卫青门下。当年霍去病荣宠日盛，逐渐有凌驾卫青之势时，卫青的故人、门下多转事霍去病，并因而获得官爵，只有任安不肯，仍然效命于卫青。
在巫蛊之祸中，任安担任护北军使者，握有兵权，太子派人持节到他那里要求发兵助战，他受了节，但仍闭城门，不肯接应太子。
事平后，汉武帝赏赐了那些与太子交战的人，把跟随太子和为太子助战的人都治以重罪。关于任安，汉武帝对他的做法不置可否，好在并没有责怪。巫蛊之祸和之前的李陵案其实差不多，汉武帝也是在盛怒之下，不调查取证就贸然行杀戮。后来这件事的真相被披露出来，有人告诉汉武帝，太子在“进则不得见上，退则困于乱臣”的情形下，不得已才“子盗父兵”，其实并无邪心。至此，汉武帝又认识到自己冤枉了太子。于是，先前所做的处置又要反攻倒算，变成与太子交战、反太子的人全部有罪。江充虽死，仍被诛灭三族，领兵与太子作战的丞相被腰斩，汉武帝还建了一座“思子宫”以示对其怜惜。这都是后话，汉武帝对太子态度转变之初，想起了任安的做法，他认为任安是个典型的老油条，坐持两端，看谁胜就依附谁，是真正怀有二心的人。于是决定将其处以死刑。
任安认为自己是冤枉的，即便无功，也不致有过。在那种乱糟糟的局面中，太子仓促起兵，又没有皇帝的确实消息，他以不变应万变有何不可？
征和二年（前91年）冬，任安在狱中待刑时，写信给司马迁，请他设法援救。
司马迁接到这封信时，可以想见，他的心里是相当为难的，他了解汉武帝，自己的遭遇就是汉武帝盛怒之下的结果，他实在不愿意再遭到第二个李陵之祸。论交情，李陵与他“素非相善”，而任安则是老朋友，双方彼此很熟悉。司马迁也非常明白汉武帝一心为太子报仇，任安的死刑绝无平反的可能。他不是见死不救，而是真的无力救之，他要把自己的苦衷向老朋友说明，并请求他的谅解。于是，在征和二年十一月，55岁的司马迁写了一封长信给任安。
信的开头，他自称“太史公牛马走司马迁”，太史公指他父亲司马谈，“走”是“仆”的意思，即为太史公司马谈掌管牛马的仆人司马迁。这个谦称已经告诉世人，现在还活着的司马迁完全是为了完成父亲遗命而苟活，这是他的隐衷。
信的内容大部分都是讲自己遭遇的飞来横祸，以及之后受刑、忍辱的经过和体验，前面我们已经引用过很多其中的句子了。他对自己不选择痛快就死，而是苟活于世，是这样解释的：第一，如果当时就死去，那么他的死“若九牛亡一毛”，而且还会被认为是罪有应得。第二，他还没有完成父亲的遗命，当时死了，九泉之下有什么面目去见父亲呢？第三，父亲临终时深以“天下之史文”废而感到忧惧，所以他的遗命不是私人的事情，而是对整个民族文化都有益处的，那么更不能因为自己一人的荣辱而轻易放弃。
他要完成《史记》，以此来完成父亲的遗命，并且要因《史记》而立名，因立名而洗刷受腐刑的耻辱。父亲的遗命是司马迁受腐刑后的余生中赖以生存的精神支柱，而这个支柱落到实处就是全神贯注地去完成《史记》。这也等于告诉任安：现在的我，已不是单纯的我，我的生命就是《史记》的生命，我的一切就是《史记》的一切，二者已经合为一体。身为朋友，我可以为你而死，但是《史记》却不能为你而牺牲。
任安终于被腰斩了，司马迁也在感叹中度完他的余生。前有李陵，后有任安，巧合的是这两人的字都是少卿。他们在司马迁的生命中激起了巨大的涟漪，前者是狂风暴雨式的，后者只是前者的余波。