发起“护法运动”
1915 年12 月，袁世凯宣布改次年为洪宪元年，建立“中华帝国”，准备即皇帝位。1916 年元旦，袁世凯称帝。
在此前的11 月，被袁世凯监视的蔡锷，在梁启超的赞助下潜出北京。12 月，蔡锷赶赴云南，联络唐继尧、李烈钧于25 日通电讨袁，宣布云南独立，成立护国军，并且号召各省同时起义。
正在日本的孙中山，从报纸上看到袁世凯称帝的消息后，也十分震惊和气愤，指示宋庆龄马上给广东的朱执信、上海的陈其美发电报，让他们立即揭竿而起，武装讨袁，响应云南起义；同时给蔡锷、李烈钧发电报，预祝他们起义成功。
护国军出兵四川、贵州、两广，贵州、广西先后独立。袁世凯派兵入川镇压，不能取胜，被迫于1916 年3 月22 日取消帝制，但仍然保留大总统职位，要求停战。
5 月，岑春煊、梁启超在广东肇庆设军务院，提出以袁世凯去位为媾和条件。四川、湖南相继宣布独立。北洋军将领冯国璋（直系）、段祺瑞（皖系），不肯为袁世凯作战。
6 月，孙中山从国外回到上海，发表第二次《讨袁宣言》，开展反袁斗争。
6 月6 日，袁世凯在全国人民的声讨中忧惧病死。
此后，进步党联络西南各省实力派，勾结北洋军阀段祺瑞，以黎元洪继任总统、恢复国会为条件，结束了护国运动。
黎元洪、段祺瑞彼此争权夺利。在1917 年第一次世界大战期间，以段祺瑞为首的亲日派，为扩充实力，主张对德国宣战；以黎元洪为首的亲英美派，则利用国会支持，表示反对。5 月，段祺瑞指使督军团强迫国会通过宣战案未遂，要求解散国会，又组织所谓“公民团”包围国会。黎元洪下令将段祺瑞免职。
段祺瑞在天津设军务总参谋处，策划武力倒黎。时称“府（总统府）院（国务院）之争”。
1917 年6 月，安徽督军张勋奉黎元洪之召，以十三省军事同盟“盟主”身份，从徐州率兵进京“调停”。张勋入京后，逼迫黎元洪解散国会，并将黎元洪驱走。7 月1 日，张勋伙同康有为等拥立溥仪复辟，但遭到全国人民反对。
段祺瑞也以反对复辟为名，誓师讨伐张勋。7 月12 日，张勋兵败，段祺瑞重新出任国务总理，拒绝恢复《中华民国临时约法》和国会。
现实使孙中山认识到，段祺瑞等人不过是借假共和之名行专制之实。7 月19 日，孙中山以“拥护约法、恢复国会”为号召，率领驻沪海军、部分国会议员到广州。同时，孙中山致电段祺瑞，揭穿他非法复任国务总理的伎俩。但是，段祺瑞对孙中山的警告置若罔闻，他自认是“再造共和”。
8 月，皖系政客徐树铮、王揖唐等在北京安福胡同组织俱乐部，贿买选票，包办选举，成立“国会”（时称“安福国会”），操纵选举，选举徐世昌为“总统”。
孙中山在广州召开国会非常会议，组织护法军政府。9 月，孙中山被推举为大元帅，领导滇军、粤军，以及部分桂军、黔军、湘军、川军等，抗击段祺瑞的军事进攻，击败进入湖南、四川的北洋军阀军队。
9 月10 日，孙中山在受任宣言和就职布告中，发誓要“攘除奸凶，恢复护法”，以完成民国成立时未完成的责任，正式树起“护法”的旗帜，在广州建立了与北京的段祺瑞卖国政府相对抗的中华民国军政府。于是，中国分裂为南、北两个政府。
因为自己没有武装力量，孙中山计划借助西南的桂系军阀陆荣廷的力量来反对北方军阀，以保卫民主政治。
护法运动收到了一些成效，几个月之内就有十多个省卷入，北方军阀的武力统一计划因此破产。
但是，陆荣廷之所以允许孙中山到广州组织护法军政府，发起护法运动，只不过是要利用护法，确保自己割据两广的局面能够苟延残喘。陆荣廷还和北方军阀勾结，阻碍、破坏护法运动，排斥孙中山，特别是不让他领导武装力量。
1918 年5 月，因受陆荣廷等的排挤，孙中山被迫去职。眼看自己的护法事业无法继续，孙中山只能愤怒离开广州赴上海。护法军政府遂成为桂系军阀的政权，向北洋军阀靠拢，酝酿南北议和。
护法运动的失败，使孙中山认识到辛亥革命悲剧的深刻性、严重性。他说：
这次革命只革掉了一个清廷的专制，反而产生了无数强盗的专制。其毒害的剧烈，比清廷的专制更厉害。老百姓因此更难活命了。
孙中山在大元帅辞职通电中说：
我们国家最大的祸患，莫过于武人的争雄，南方与北方的军阀都是一丘之貉。
孙中山苦心革命数年，结果“革命主义未行，革命目的未达，仅有民国之名，而无民国之实”，他陷入了深沉的痛苦中！中国的命运的主宰者是谁？拯救中国的道路在哪里？他要继续找寻答案。
撰写《建国方略》
孙中山和宋庆龄从广州回到上海，住在环龙路63 号。一天，四位旅美回国的华侨去拜访孙中山，临走时小声问卫士：“孙先生住的房子太不像样了，这是他自己的吗？”
卫士说：“他哪里有房子！这房子是租的，每月要付六十五元租金。”
这四位华侨说：“一位做过惊天动地大事业的人，竟连住的房子也没有！我们一定要替他想想办法。”
当时，他们正准备合资在上海开办一家化妆品工厂，他们决定拿出一笔钱来，购买一座住宅送给孙中山。
这几位同胞把住宅修整、布置好以后再去拜访孙中山，请他搬进新房去住。孙中山听后忙说：“送房子给我？不可！不可！
我怎能接受你们这样的重礼？”
侨胞再三解释，说明这完全是帮助孙中山革命，他才同意，和夫人搬进新居。从此，这个莫利哀路29 号（今香山路7 号）的建筑，就成了孙中山和夫人的住地。
1918― 1919 年，孙中山潜居在侨胞赠给他的住宅中，怀着“痛心疾首”的心情，从理论上总结自己“奔走国事三十余年的经验教训，认真探索下一步路该怎样走”。他发愤著述，写出了《孙文学说》（又名《知难行易的学说》，即《建国方略》之一的“心理建设”）、《实业计划》（即《建国方略》之二的“物质建设”）两本书；再加上他于1917 年写的《民权初步》（即《建国方略》之三的“社会建设”），便构成了他的主要著作《建国方略》全书。
此外，孙中山还写成了《八年今日》等重要文章。他希望在行动受到阻难、无力挽回局面的情况下，自己的著作能“启发国民”“唤醒社会”。
其中，《民权初步》的写作意图，孙中山说明是教给中国人行使民权的第一步的方法。他认为，中国人“一盘散沙”的状态并不是天生的，而是“集会有禁，文字成狱，偶语弃世”的专制制度造成的。孙中山分析道：
今后民国之安危如何，则全视民权之发达如何耳。
《孙文学说》是孙中山哲学的代表作。它打破“知易行难”
的传统观念，提出了“行之非艰，知之维艰”的新见解，阐述了“能知必能行”“不知亦能行”的道理。
《实业计划》是孙中山为了改变中国贫穷落后的经济状况，使中国富强起来而制订的经济建设大纲。他认为经济建设问题是“此后中国存亡之关键”。在吸收外资实现中国经济近代化的过程中，他特别强调不能影响国家主权。他说：唯发展之权，操之在我则存，操之在人则亡。
此外，孙中山还主张“化兵为工”，安排被裁减的军人去筑港修路、开发长城外沿地区。
在愁闷的重压下，孙中山呕心沥血撰写的这些著作，表明了他追求真理的精神，以及对中国民主化、工业化的强烈心愿。
他纵观中国历史，指出中国人曾经称雄世界，今天要走上富强发达的路，并不困难。
亲历“五四运动”
自1894 年10 月宣传资产阶级革命以来，孙中山经过了二三十年的奋斗，所有他认为能用的办法都用过了，但是仍然陷于这样的境地。孙中山经过痛苦的求索，渐渐明白了一点：在帝国主义时代，半封建半殖民地国家里的资产阶级和他们从西方学来的资产阶级民主革命的思想和方法，已经不可能引导革命取得真正的胜利。把这些国家从封建主义、帝国主义的压迫中拯救出来的历史任务，只能由同帝国主义、封建主义没有“血缘关系”的新力量来完成。
当中国资产阶级领导的民主革命失灵，孙中山走投无路的时候，俄国的1917 年“十月革命”成功，创立了世界上第一个劳动人民当家做主的国家。这个划时代的胜利，使孙中山异常兴奋。他真诚地欢迎、同情和向往这次革命，渴望从那里找到推进中国革命的办法。在十月革命爆发后的第三天，孙中山指导下的《民国日报》就用大字标题率先做了报道，还不断刊载赞扬和积极评价的文章。
1918 年夏季，世界上各种反动势力向年轻的苏维埃政权展开了诬蔑攻击。孙中山却亲自给列宁发去贺电，电文说：中国革命党对贵国革命党所进行的艰苦斗争表示十分钦佩，并愿中俄两党团结共同斗争。
不久，列宁委托苏俄外交人民委员会委员齐契林复信给孙中山，感谢他的贺电，向这位“中国革命的领袖”致敬，信中希望“俄国劳动阶级”和“中国兄弟”“共同进行斗争”。
1919 年5 月4 日，中国爆发“五四运动”，它是一场中国人民反帝反封建的爱国运动：
在第一次世界大战结束后，英、法、美、日等国家于1919 年1 月在巴黎召开“和平会议”。中国北洋政府在人民的压力下，向和会提出希望帝国主义放弃在华特权，要求取消“二十一条”
和收回被日本夺去的原德国在山东的权利，遭到与会的帝国主义国家拒绝，北洋政府竟然准备在和约上签字。消息传出，举国愤怒。5 月4 日，北京学生三千余人在天安门前集会，高呼“外争主权，内除国贼”“废除二十一条”“还我青岛”等口号，会后举行游行示威。学生们痛打章宗祥，火烧曹汝霖住宅，北洋政府派军警镇压，逮捕学生三十多人，北京学生即实行总罢课，并通电全国表示抗议。天津、上海、长沙、广州等地学生也纷纷游行示威，声援北京学生。6 月3― 4 日，北洋政府又逮捕北京学生八百余人，激起全国人民的更大愤怒，上海、南京、天津、杭州、武汉、九江、济南、芜湖等地工人举行罢工或示威游行，上海和全国各重要城市的商人也先后举行罢市。至此，发展成为以工人阶级为主力军，包括城市小资产阶级、民族资产阶级参加的全国范围的革命运动——六三运动。运动的中心，也由北京移到上海。6 月10 日，北洋政府被迫释放被捕学生，撤去曹汝霖、陆宗舆、章宗祥的职务。28 日，中国代表团拒绝在和约上签字。五四运动是中国由旧民主主义革命转变为新民主主义革命的转折点，促进了新文化运动的深入发展、马克思主义同中国工人运动的结合，为中国共产党的成立做了思想上、干部上的准备。
孙中山亲历了这次运动。他在上海接见全国学联代表，热烈支持和鼓励学生们的斗争，并参加了上海爱国学生的集会。
他还积极营救因参加爱国活动而受迫害的学生，通电广东政府，要求立即释放被捕的工界、学界代表。
在一次群众集会上，一位北京大学的学生发言，指名批评说：
孙中山先生的革命，算不上革命。他的革命仅仅是把“大清门”的牌子换作“中华门”，这样的革命不算彻底。我们这次要做彻底的革命。
与会的孙中山听了，不但没有生气，而且带头热烈鼓掌。会后，孙中山还对这位同学恳切地说：“我所领导的革命，倘早有你们这样的同志参加，定已取得成功。”
孙中山看到了群众的力量，这正是他领导革命多年未能解决的问题。他在写给海外国民党人的信中说：五四运动以来，社会便受到绝大影响，即使顽固卑劣的伪政府，也不敢碰其锋芒。
革命斗争必定要到“政权归于平民而后已”。孙中山对五四运动这些新内容、新特点的认识和肯定，也正是他在反思、探索中对自己过去革命活动的缺陷的发现、抛弃。
孙中山得到的结论是，改造中国的第一步只有革命，在革命成功之前，要搞教育革命、实业革命都是行不通的。
孙中山就是这样自觉地接受实践的检验，从而改进和提高自己。
发起第二次“护法运动”
1920 年7 月，北洋军阀内部争夺北京政府统治权，直系军阀曹锟、吴佩孚联合奉系军阀张作霖，对把持北京政府实权的皖系军阀段祺瑞发动了战争，是为“直皖战争”。结果皖系失败，段祺瑞下台，直、奉两系共同控制了北京政府。
当初，1918 年，孙中山在离开广州的时候，还留下了一支他觉得靠得住的军队，这就是陈炯明的援闽粤军。1920 年12 月，孙中山返回广州，重开政务会议，恢复军政府。1921 年4 月，国会非常会议议决取消军政府，成立大总统府。
中华民国政府组成以后，孙中山制定、颁布了一系列改革吏制和保障人民民主权利的法令和措施，废除镇压人民的法令条例，颁布了工会法，承认劳动者的许多民主权利，主张减政裁员，规定官员要正直供职，不受贿赂，形成廉俭风气。
北洋军阀“总统”徐世昌，一看广东成立了护法正式政府，就让陆荣廷从广西出兵攻打广州。
孙中山成立政府的目的就是要进行北伐，统一全国，实现民主共和，于是就任命陈炯明为援桂总司令，出兵讨伐陆荣廷。
在短短三个多月的时间内，平定广西。
1922 年2 月，孙中山以大元帅的名义颁发动员令，命令各军出师北伐。可是，留守广东的陈炯明，对孙中山的北伐令阳奉阴违，而且同湖南督军赵恒惕结成了反对孙中山的联盟，不让北伐军按计划通过湖南北上。
5 月6 日，孙中山亲自去韶关督军，已有三个月身孕的宋庆龄偕红十字会员多人从行。
5 月8 日，孙中山发布总攻令，北伐军分三路直捣江西，一路节节胜利，整个江西指日可下。
就在这时，被孙中山誉为“真正爱国陆军”的陈炯明加紧进行背叛活动，他勾结北方军阀吴佩孚和英帝国主义，阴谋对北伐军形成南北夹击之势。
6 月初，有人报告孙中山，说陈炯明有背叛的意思，要孙中山加以提防。孙中山却坦然地说，他以至诚对人，陈炯明虽坏，但不会加害于他。
6 月中，一些将领电话告诉孙中山，陈炯明的反意已明，劝孙中山赶快离开广州。孙中山仍不离开，众人一再催促，他却说：“万一他们果真作乱，我身为大总统，肩负全体国民之托，有平叛责任。如果力量不足，被叛逆所害，也是我为国牺牲的机会，岂能临难苟安，贻笑中外，玷辱国家？”
16 日清晨2 时，陈炯明公然发动了武装叛乱。他们先在广州全城采取了密布岗哨、断绝交通等行动，又占领了各要害部门，掐断了总统府电话，然后以四千人围攻总统府，用大炮和机枪轰击孙中山在观音山的住所越秀楼。情况非常危急。
孙中山见此情景，要宋庆龄同他一起离开，宋庆龄坚决不肯，说那样目标太大。她劝孙中山快走，说：“中国可以没有我，但不能没有你。”她鼓励孙中山下定平叛的决心，说她留下迷惑叛军，争取孙中山脱险。
参军林直勉见事已急，不由分说，给孙中山换了一件旧夏布长衫，挽着他从炮火硝烟中撤出越秀楼。
当他们走到惠爱路（今中山路），正要穿过马路去桂香街时，忽被叛军哨兵拦住去路，林直勉指着神色自若的孙中山说：“我母亲病危，不得不深夜请这位医生去家里急救。”
哨兵不相信，林直勉给了一些钱，又认真地说：“我家就在高第街，你们不信，就请一齐到我们家里看看！”
哨兵看看孙中山，觉得的确像是医生，就放过了他们。快要到江防长堤时，一队哨兵又拦住他们。孙中山估计瞒不过，便主动说：“我是孙中山。”
哨兵头头十分佩服孙中山的大胆和勇气，就放过了他。孙中山又一次从魔掌中成功脱险。
宋庆龄无畏地完成了掩护孙中山的任务，也冲出了魔掌。
但是，他们唯一的孩子小产了。他们共同给孩子取的名字叫北伐，可是，是男是女他们都不知道，便将其奉献给了革命！可见他们夫妇对革命做出了多么巨大的贡献。
孙中山转到永丰舰上，对叛军施行炮击。眼看叛军将被击溃，孙中山发现民房起火，下令停止炮击，使叛军没有被打垮。
叛军一些将领觉得莫名其妙；了解孙中山的陈炯明也不得不承认，这就是孙中山，任何人在他面前都显得渺小。
在舰上，孙中山完全跟普通士兵一样生活。一次，香港《士林西报》的一名西方记者去采访，他根本不相信那位穿着旧夏布长衫的人就是一个国家的大总统。他不解地问孙中山：“尊敬的博士，舰上这种生活能过得惯吗？”
孙中山环视了一下四周，微笑着回答：“这不是很好吗？”
“博士先生，我觉得要是你转到香港去，会更好，更安全。”
“不！”孙中山严肃地说，“我是国会议员选出的总统，对全体议员和全国人民负有重大责任，现在我更应当同舰上官兵同甘共苦，行使议员和全国人民交给我的职责。如果我放弃职责，就是对国会违法，对人民失责，对国家叛变。我只有誓死平乱到底，以谢国人。违法的事，不是我孙某所能做得出来的。”
由于部分舰只被叛军收买，长洲要塞失守，叛军反扑过来，孙中山指挥永丰舰等舰冲破了叛军封锁，退抵白鹅潭。
各舰刚刚下锚，广东海关的英国税务司夏理士便来到舰上，他骗孙中山说，叛军已准备炮击白鹅潭的舰只。其实，夏理士是怕讨伐叛军的战斗会危及他们的租借地——沙面——的安全，因为沙面就在白鹅潭旁边。
孙中山心知夏理士的鬼胎，便说：“好哇！我正等着他们呢！舰队的炮手都在摩拳擦掌，要用大炮教训他们！”
夏理士忙说：“不，这使不得。阁下，炮火这东西是无情的，我为阁下的安全着想，你还是命令舰队驶离白鹅潭为好！”
“这万万不能！万万不能！”孙中山坚决回答说。
劝说不成，夏理士便露出真面目说：“请允许我奉劝阁下，不要用沙面作掩护，导致危及沙面的安全！”
孙中山神色威严，不理睬夏理士的威胁。
夏理士又说：“白鹅潭是中立地带，按国际法，交战团体不能在中立地驻泊兵舰。”
孙中山听后勃然大怒，驳斥道：“你是何人，敢如此无理！我是中华民国大总统，是中国主人，凡属中国领土，中国船只便可任凭驻泊，何得荒谬干预！”
接着他又用英语说道：“沙面不过是中国政府暂时租给英国使用，并非英国的属地，主权仍属中国，白鹅潭更不是中立地带，中华民国的舰队为何不可以驻泊？我生平注重公理，不畏强权，决不允许无理的干涉！”
夏理士理屈词穷，只得灰溜溜地走了。
在场的一名西方人事后对他的友人说：“我今天才看到孙中山总统的真面目，他的确是中国真正的爱国者，谁说中国没有人才？”
据说，夏理士回去后电告香港总督：“孙中山是硬汉，难以劝说。”
回师的北伐军由于遭到陈炯明和北方军阀的夹击，受到重创。孙中山反击叛军将近两个月，收效不大。他自知成功希望渺茫，便乘坐英舰“摩轩号”离开广州，经香港回到上海。第二次护法运动，又断送在新老军阀手中。
9 月18 日，孙中山在上海发表《告国民党同志书》，以异常沉痛的心情评述了这次惨败。其中写道：文率同志为民国而奋斗，垂三十年。中间出生入死，失败之数，不可偻指；顾失败之惨酷，未有甚于此役者。
他还检讨自己缺乏知人之明，将叛逆误为忠良，致使“祸患生于肘腋”。